Para activar los colores del comando ls deberías tener el siguiente alias definido en el sistema:

alias ls='ls --color=auto'

de forma que cada vez que se haga un ls en realidad sea un ls con la opción color. Los colores por defecto vienen determinados por la variable de entorno LS_COLORS, así que una opción para modificarlos es cambiar esta variable directamente con un export.

Sin embargo, existe una utilidad que hace el trabajo por nosotros: dircolors (man dircolors para más información). Por defecto, dircolors utiliza el archivo de colores /etc/DIR_COLORS, pero esto se puede sobreescribir con el archivo de colores ~/.dir_colors. Por lo tanto, para modificar los colores basta con copiar el fichero por defecto:

cp /etc/DIR_COLORS ~/.dir_colors

Y editar el archivo ~/.dir_colors de acuerdo con los códigos de color en los comentarios del fichero.

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