Para medir el tiempo de ejecución en R se puede usar la función system.time, que devuelve un objeto de tipo proc.time. De acuerdo con la documentación, proc.time es un vector de tamaño 5 donde
the third entry is the ‘real’ elapsed time since the process was started
Por lo tanto, para medir el tiempo de ejecución medio de N ejecuciones de una función f se puede utilizar la expresión:
mean(replicate(N, system.time( f(...) )[3]))

Updated: