Existe un problema bastante molesto con TexMaker, y es que en ocasiones pone las tildes (acentos) después de la letra, en lugar de encima. Para arreglarlo había que hacer ALT-TAB a otra ventana pero al rato volvía a ocurrir. Para solucionarlo, parece que basta con instalar el paquete ibus-qt4:
sudo apt-get install ibus-qt4
Fuente